Проводится при подвижных или разрушенных зубах. Через канал корня зуба с целью восстановления нормального коронко-корневого соотношения и укрепления зуба вводится штифт с винтовой или фигурной поверхностью. Необходимым условием для вышеуказанной имплантации является наличие как минимум 3 мм здорового периодонта вокруг верхушки корня зуба.При резорбции костной ткани лунок зубов вследствие травматической окклюзии, при периодонтитах, кистах, пародонтитах, при переломах верхней трети корней зубов и коронковой части ниже десневого края, если экстраоральный период времени после вывиха зуба продолжается более 2 часов, одноэтапно проводится реплантация и эндодонто-эндооссальная имплантация, если корни искривлены или отсутствуют анатомические условия проведения имплантата по каналу, осуществляют и эндодонто-эндооссальную имплантацию.При наличии в зубах живой пульпы эндодонто-эндооссальную имплантацию проводят односеансовым методом, но в некоторых случаях вначале пломбируют корневой канал фосфат-цементом, а за тем через 2-3 недели, если не наблюдается признаков воспаления, осуществляют имплантацию.

По рентгенограмме определяют, насколько имплант  может быть введён внутрикостно. Сверлом, который должен быть на 0,1 мм больше по диаметру, чем имплантат, проходят канал зуба до его верхушки. Затем сверлом, которое на 0,03-0,05 мм меньше по диаметру, чем имплантат, просверливают канал в костной ткани челюсти до намеченного уровня в соответствии с рентгенограммой. Кровотечение останавливают, применяя холодный физиологический раствор, аминокапроновую кислоту, и если оно не прекращается, то вводят заранее приготовленные турунды, смоченные 3-6% раствором перекиси водорода. После этого специальным измерителем определяют длину канала корня.

Определяют размер эндооссальной части имплантанта, равный разнице между общей длиной сформированного канала, измеренной с помощью аналога имплантата, и длиной канала в корне зуба. На часть имплантата, вводимую в кость, фосфат-цемент не наносят.

Канал корня зуба высушивают эфиром и эндодонто-эндооссальный имплантант  фиксируют цементом. После затвердевания цемента остаток имплантата отрезают.

Аналогичную операцию осуществляют и при введении эндодонто-эндооссального имплантанта с культёй, причём в последнем случае необходима высокая точность.

Для укрепления зубов при резекции верхушек их корней, удалении кист или переломе зубов операция проводится принципиально аналогично, но эндодонто-эндооссальный имплантат при этом должен быть введён в косную ткань через дефект.

После хорошо проведённой эндодонто-эндооссальной имплантации зуб не должен быть подвижным.